Ju 88A-1 конструкционно близок А-0 и отличался лишь возвратом к трехлопастным винтам (вместо четырехлопастных). Четыре члена экипажа размещались в носовой части фюзеляжа перед крылом. Пилот располагался слева, бомбардир внизу. Бортинженер сидел за пилотом лицом назад. Рядом с ним, чуть ниже, находился радист, который в случае необходимости мог перейти в подфюзеляжную гондолу для обслуживания нижнего пулемета. Два бомбоотсека вмещали двадцать восемь 50-кг бомб SC-50. Четыре держателя под центропланом позволяли поднимать бомбы весом до 500 кг, но обычно подвешивались 100-кг бомбы, обеспечивавшие бомбовую нагрузку 1800 кг. При полете на небольшие расстояния под крылом подвешивались четыре 250-кг или две 500-кг бомбы. Бомбоприцел монтировался на полу кабины и во время полета сдвигался влево, чтобы не ограничивать обзор.

Запас топлива находился в 415-л консольных и 425-л центропланных баках. Для дальних полетов в переднем бомбоотсеке можно было разместить 1215-л дополнительный бак, а в случае необходимости и 680-л бак в заднем отсеке. Первоначально оборонительное вооружение состояло из пулемета MG-15, стрелявшего вперед через правую часть остекления, и из двух таких же пулеметов, расположенных в задней верхней и нижней установках,

Вскоре выяснилось, что этого недостаточно. Дополнительно установили еще один MG-15, стрелявший назад. Обычно в частях технического обслуживания ставились еще два MG-15 в боковых установках. Но поскольку все эти дополнительные пулеметы обслуживались одним человеком, добиться мощного залпа не удавалось.

Подобно большинству новых боевых самолетов Ju 88 страдал от многочисленных «детских болезней». Решетчатые воздушные тормоза, установленные под передним лонжероном крыла, в момент выпуска вызывали эффект пикирования, из-за чего возникали затруднения с управлением, Несмотря на это, самолет отличался прекрасной маневренностью. Серьезную проблему создавали основные стойки шасси: все первые 10 самолетов, изготовленные на заводе компании «Арадо» в Бранденбурге, потерпели аварии из-за отказа выпуска одной из стоек.

Ju 88A-2. Со временем двигатели Jumo 211В-1 заменили на Jumo 211С-1 той же мощности. Появились узлы крепления стартовых ракетных ускорителей, которые использовались при взлете с перегрузкой. Новая модель самолета получила обозначение Ju 88A-2.

Ju 88A-3 представлял собой модернизированный А-1 с двойным управлением и идентичным приборным оборудованием. Начало разработки в 1940 г. варианта Ju 88A-4 привело к появлению целого ряда различных модификаций, на которых устанавливались усовершенствованные двигатели Jumo 211 (варианты 211F и 211J), отличавшиеся усиленным коленвалом, установкой нагнетателя DFL, новым управлением, доработанным топливным насосом и системой охлаждения под давлением. Jumo 211J, кроме того, имел индукционный охладитель.

Ju 88A-4. Более мощный двигатель Jumo 211J предназначался для установки на самолете Ju 88A-4, площадь крыла которого была увеличена на 2,4 м² (до 54,5 м²) за счет удлинения консолей на 1,65 м, что, в свою очередь, увеличило размах крыла до 20 м. Одновременно с консолями удлинили элероны, получившие вместо матерчатой металлическую обшивку, и укрепили стойки шасси.

Все последующие модификации серии «А» выпускались на основе Ju 88A-4, но их номера не отражали той последовательности, с которой они поступали на вооружение. Более того, даже стандартный бомбардировщик использовался в нескольких ролях и после внесения некоторых изменений в оборудование получал в ряде случаев другой номер модификации. Например, тропические варианты Ju 88A-1 и А-5, оборудованные пылевыми фильтрами, солнечными шторками и снаряжением для действий в пустыне, обозначались соответственно Ju 88A-9 и А-10. Они появились раньше, чем А-8, разработанный на базе А-4. На основе А-4 также были созданы следующие варианты:

Ju 88A-5. Работы над мотором Jumo 211J задержали запуск в производство самолета Ju 88А-4, в результате чего весной 1940 г. появился уже новый вариант Ju 88A-5, представлявший собой планер А-1 с консолями от А-4. Новый самолет получил усиленное шасси и возможность подвески еще двух 250-кг бомб под консолями крыла. Бомбардировщики Ju 88A-5 оснащались двигателями Jumo 211В-1, G-1 или Н-1, развивавшими мощность при взлете 1200л. с. Эта модификация стала поступать на вооружение бомбардировочных эскадр во время Битвы за Англию (1940-1941гг.).

Ju 88A-6. Аэростаты заграждения, прикрывавшие промышленные центры Англии, доставляли немало хлопот при бомбометании с малых высот. Для борьбы с ними были разработаны варианты Ju 88A-5 и А-6, оборудованные параванами перед крыльями, заканчивающимися резаками тросов. С небольшой боевой нагрузкой А-6 должны были расчищать дорогу для остальных бомбардировщиков. Общий вес паравана с 60-кг противовесом составлял 380 кг. Увеличившееся воздушное сопротивление снизило крейсерскую скорость с 400 до 375 км/ч. Самолеты Ju 88A-6 оказались очень уязвимыми и малоэффективными. Поэтому их скоро стали переоснащать в обычные бомбардировщики, снимая параван и противовес. Некоторые самолеты переделывали в дальние морские разведчики (вариант Ju 88A-6/U). Экипаж сокращался до трех человек, снималась нижняя гондола, а в носовой части монтировался локатор FuG 200 «Хохентвиль». Под центропланом устанавливались сбрасываемые топливные баки. На самолете использовались двигатели Jumo 211J.

Ju 88A-7. Еще до начала сборки Ju 88A-4 было выпущено небольшое число учебных А-5 с двойным управлением, получивших обозначение Ju 88A-7.

Ju 88A-8 (с двигателями Jumo 211F-1) — выпускался параллельно с А-4; на передних кромках крыла были установлены резаки аэростатов заграждения (так называемых «Kutonase»); экипаж состоял из трех человек. Небольшое количество машин этой модификации было выпущено в 1941 г.

Ju 88A-11 — серийная модификация тропического варианта Ju 88А-4/Тгор., появившегося благодаря усилиям частей техобслуживания и доработанного на сборочной линии.

Ju 88A-12 — переоборудованные под двойное управление А-4, с которых снималась нижняя гондола, воздушные тормоза и все вооружение.

Ju 88A-13 — самолеты, использовавшиеся в качестве штурмовиков. Воздушные тормоза и бомбо-прицел были сняты, экипаж получил дополнительную бронезащиту, вооружение состояло из 250-ти 2-кг осколочных бомб и 16-ти пулеметов MG-17, установленных в контейнере на держателях ETC под крылом.

Ju 88А-14 — получил устройство для преодоления аэростатных заграждений («Kutonase»), дополнительное бронирование экипажа, на нескольких машинах установили в нижней гондоле пушку MGFF сняв бомбоприцел. MGFF использовалась в основном для атаки морских судов. Ее получили и несколько Ju 88A-4, причем иногда пушка устанавливалась в правой части лобового остекления кабины.

Ju 88A-15 — планер А-4, оборудованный увеличенным бомооотсеком, вмещавшим до 3000 кг бомб. Нижняя гондола снималась, экипаж сокращался до трех человек, оборонительное вооружение состояло только из двух пулеметов MG-15.

Ju 88A-16 — вариант А-14 с двойным управлением без нижней гондолы и оборонительного вооружения.

Ju 88A-17 — торпедоносец. Под крылом монтировался держатель PVC, что позволяло поднять две 765-кг торпеды LTF-5b. В длинном обтекателе, справа под фюзеляжем, располагался механизм подготовки торпеды к сбросу. Экипаж состоял из трех человек. Нижняя гондола на некоторых самолетах снималась.